Wydział Nawigacji i Uzbrojenia Okrętowego wspólnie z Wydziałem Lotniczym WSOŚP w Dęblinie prowadzi cywilne studia II. stopnia w specjalności nawigacja lotnicza.

Zajęcia w semestrze I i III są realizowane w AMW, natomiast semestr II wraz z praktykami programowymi realizowany jest w Wydziale Lotniczym WSOŚP. Absolwent studiów II. stopnia otrzymuje dyplom ukończenia studiów II. stopnia Akademii Marynarki WOjennej.